O uso da vírgula, como o da pontuação em geral, é complexo, pois está intimamente ligado à decomposição sintáctica, lógica e discursiva das frases. Tradicionalmente, os sinais de pontuação (como o ponto, a vírgula, o ponto e vírgula e os dois pontos) têm sido entendidos como uma transposição para a escrita das pausas e do ritmo melódico da oralidade. Veja-se, a este respeito, o cap. 21, pp. 639-664, da Nova Gramática do Português Contemporâneo, de Celso CUNHA e Lindley CINTRA (14ª ed., Lisboa, Edições Sá da Costa, 1998). Este ponto de vista, apesar de muito divulgado e ensinado em contexto escolar, conduz a equívocos e dúvidas que dificilmente podem ser esclarecidos com esta forma de análise. Como exemplo do que acabou de ser dito, podemos referir que, se a vírgula servisse para indicar uma pausa, como é usualmente referido, seria possível uma vírgula separar grupos inseparáveis, como o sujeito do grupo verbal ou o verbo de um seu complemento obrigatório (ex.: *o rapaz, não comeu, nada; o asterisco indica agramaticalidade), pois na oralidade poderá ser feita uma pausa. Assim, e cada vez mais, a pontuação vem sendo entendida como um conjunto de sinais para tornar mais clara a sintaxe e a lógica do discurso, relacionando-se directamente com as construções sintácticas utilizadas e com a estrutura do discurso. Da mesma forma, no ensino, parece haver crescente consciência de que a pontuação não pode nunca ser ensinada isoladamente, mas deve acompanhar o estudo das diversas estruturas sintácticas.

Neste contexto, e servindo o ponto final, na sua essência, para delimitar uma unidade do discurso (período) iniciada por maiúscula, a vírgula surge como o delimitador de algumas estruturas sintácticas dentro do período.

Especificamente sobre a questão colocada, quando a vírgula indica uma coordenação não deverá anteceder a conjunção e, mas poderá surgir antes se apresentar a função de isolar ou separar determinado constituinte sintáctico.

Depois desta reflexão, analisem-se, a título de exemplo, as frases abaixo:
a) Ele respeita os sinais de trânsito, especialmente os limites de velocidade, e observa todas as regras.
b) As proibições, as obrigatoriedades e os limites de velocidade foram respeitados.

Em a), verifica-se utilização de vírgula a seguir à conjunção e porque entre as duas orações (Ele respeita os sinais de trânsito / observa todas as regras), coordenadas por esta conjunção, há um complemento adverbial, pertencente à primeira oração (especialmente os limites de velocidade), que tem de ser separado por vírgulas. O uso desta vírgula é independente do uso da conjunção e, pois, apesar de a vírgula ser usada muitas vezes para indicar uma coordenação, não está limitada a essa utilização. Se não existisse na frase o complemento adverbial especialmente os limites de velocidade, não haveria motivo para utilizar a vírgula antes da conjunção e (ex.: Ele respeita os sinais de trânsito e observa todas as regras.). Podemos concluir que em a) a vírgula tem a função de isolar o complemento adverbial que especifica o sintagma nominal os sinais de trânsito.

Em b), não poderá ser usada a vírgula antes da conjunção e, pois nesta frase a única função da vírgula é indicar uma coordenação (a frase é equivalente a As proibições e as obrigatoriedades e os limites de velocidade foram respeitados.). Como a coordenação já está indicada pela conjunção e, a vírgula não deve ser usada (alternativamente poderia haver uma frase em que a coordenação fosse feita exclusivamente com vírgulas: Proibições, obrigatoriedades, limites de velocidade foram respeitados.).

Servindo a pontuação e, mais especificamente, a vírgula, para delimitação de unidades sintácticas e orientação do leitor na leitura do texto, a relação entre as vírgulas e as pausas apenas é pertinente quando se trata da leitura oral de um texto, e não no sentido inverso, isto é, não na correspondência da marcação de vírgulas num texto a partir de pausas da oralidade, como sugerem muitos prontuários, gramáticas, dicionários e docentes. A este respeito, assinale-se pela positiva a definição de vírgula dada pelo Dicionário da Língua Portuguesa Contemporânea (Lisboa, Academia das Ciências de Lisboa/Verbo, 2001): "Sinal ortográfico de pontuação (,) que serve para separar ou isolar membros de uma frase e que corresponde, na leitura oral, a uma pausa de curta duração."

Ver também: pontuação e a conjunção e; vírgula depois da conjunção e

Notas

1. As respostas são datadas e escritas segundo a ortografia da norma europeia anterior ao Acordo Ortográfico de 1990.
2. A base do dicionário foi alterada a 1 de Abril de 2009, pelo que as referências em dúvidas anteriores a esta data podem não corresponder ao conteúdo actual.
3. As respostas sobre questões ortográficas são maioritariamente baseadas na norma ortográfica portuguesa de 1945, contendo as respostas mais recentes indicações sobre a ortografia antes e depois do Acordo Ortográfico de 1990.
4. A bibliografia utilizada está disponível aqui.