Os dois plurais de esfíncter estão abonados por obras de referência, e qualquer um deles é válido.

A flexão do plural provoca, em algumas palavras esdrúxulas terminadas em -r ou -n no singular, o deslocamento do acento tónico para a terceira sílaba a contar do fim da palavra (ex.: especímenes, plural de espécimen, lucíferes, plural de lúcifer) ou para a segunda sílaba a contar do fim da palavra (ex.: juniores, plural de júnior), uma vez que, em português, as palavras isoladas têm acentuação tónica numa das três últimas sílabas.

Aparentemente, por se tratar de uma palavra grave, não haveria necessidade de alterar a acentuação do plural da palavra esfíncter, mas Rebelo Gonçalves, no Vocabulário da Língua Portuguesa (Coimbra: Coimbra Editora, 1966), referência maior para a lexicografia portuguesa, regista esfincteres como plural de esfíncter, à semelhança de, por exemplo, caracteres, plural de carácter, que constitui um caso excepcional na língua. Esta é também a opção seguida pela a edição portuguesa do Dicionário Houaiss.

Outras importantes obras de referência, como o Grande Vocabulário da Língua Portuguesa (Lisboa: Âncora Editora, 2001) e a maioria das obras lexicográficas publicadas em Portugal e no Brasil, registam no entanto esfíncteres como plural de esfíncter, não acrescentando esta palavra à reduzida lista de excepções.

Notas

1. As respostas são datadas e escritas segundo a ortografia da norma europeia anterior ao Acordo Ortográfico de 1990.
2. A base do dicionário foi alterada a 1 de Abril de 2009, pelo que as referências em dúvidas anteriores a esta data podem não corresponder ao conteúdo actual.
3. As respostas sobre questões ortográficas são maioritariamente baseadas na norma ortográfica portuguesa de 1945, contendo as respostas mais recentes indicações sobre a ortografia antes e depois do Acordo Ortográfico de 1990.
4. A bibliografia utilizada está disponível aqui.