Na primeira frase apontada, estamos perante três orações ([1] Tratando-se de uma questão importante, [2] e tendo em conta os valores envolvidos, [3] importa tomar uma decisão urgente), havendo a coordenação (através da conjunção e) das duas orações gerundivas [1] e [2] que, por sua vez, funcionam como adjunto adverbial da oração principal [3], dela separado através de uma vírgula.

Depois de identificada esta estrutura, podemos verificar que na segunda frase apontada não há motivo para colocar a expressão tendo em conta os valores envolvidos entre vírgulas. Se o fizermos, estaremos a isolar sintacticamente uma estrutura, indicando que está intercalada. Neste caso, verificamos que não se trata de uma oração intercalada, pois, se tentarmos suprimir o que está entre vírgulas, constatamos que o resultado é agramatical (*Tratando-se de uma questão importante e importa tomar uma decisão urgente). Com efeito, não se trata de uma coordenação da oração principal [3] com a primeira oração gerundiva [1], mas sim de uma coordenação de orações gerundivas, como se afirmou acima.

Do ponto de vista lógico, a frase correcta será então Tratando-se de uma questão importante(,) e tendo em conta os valores envolvidos, importa tomar uma decisão urgente. Os parênteses indicam aqui a opcionalidade da vírgula: aparentemente, entre [1] e [2] não haveria necessidade do uso de uma vírgula, já que a coordenação é feita pela conjunção e e esta vírgula não está a isolar uma parte da frase; no entanto, este uso da vírgula é muito frequente (cf. CUNHA e CINTRA, Nova Gramática do Português Contemporâneo, p. 643) em casos de orações coordenadas unidas pela conjunção e com um sujeito diferente. No caso, as duas orações gerundivas têm sujeitos diferentes, ainda que não expressos, pois o verbo tratar está a ser usado como verbo impessoal (isto é, não tem sujeito) e o verbo ter, na locução ter em conta, tem um sujeito indefinido, como alguém ou nós.

Ver também: vírgula antes da conjunção e; vírgula depois da conjunção e

Notas

1. As respostas são datadas e escritas segundo a ortografia da norma europeia anterior ao Acordo Ortográfico de 1990.
2. A base do dicionário foi alterada a 1 de Abril de 2009, pelo que as referências em dúvidas anteriores a esta data podem não corresponder ao conteúdo actual.
3. As respostas sobre questões ortográficas são maioritariamente baseadas na norma ortográfica portuguesa de 1945, contendo as respostas mais recentes indicações sobre a ortografia antes e depois do Acordo Ortográfico de 1990.
4. A bibliografia utilizada está disponível aqui.