Tal como no caso de catorze/quatorze, não existe nenhuma diferença de significado entre quotidiano e cotidiano, apenas uma diferença de adequação ortográfica à realização fonética dessas palavras (a sílaba quo- de quotidiano pronuncia-se como a primeira sílaba de quórum e a sílaba co- de cotidiano pronuncia-se como a primeira sílaba de cola). Esta variação já existia no latim entre as formas quotidianus, -a, -um e cottidianus, -a, -um, de onde derivam quotidiano e cotidiano, respectivamente. Acresce o facto de quotidiano ser a forma mais usada em Portugal e cotidiano a mais usada no Brasil, como atestam pesquisas em motores de busca da Internet.

O mesmo fenómeno de variação está patente nos pares quociente/cociente, quota/cota, quota-parte/cota-parte ou quotizar/cotizar, por exemplo.

Notas

1. As respostas são datadas e escritas segundo a ortografia da norma europeia anterior ao Acordo Ortográfico de 1990.
2. A base do dicionário foi alterada a 1 de Abril de 2009, pelo que as referências em dúvidas anteriores a esta data podem não corresponder ao conteúdo actual.
3. As respostas sobre questões ortográficas são maioritariamente baseadas na norma ortográfica portuguesa de 1945, contendo as respostas mais recentes indicações sobre a ortografia antes e depois do Acordo Ortográfico de 1990.
4. A bibliografia utilizada está disponível aqui.