A forma correcta é interorganizacional, uma vez que o elemento de formação inter- apenas se separa por hífen do outro elemento da palavra composta quando aquele começa por h ou r (ex.: inter-humano, inter-racial).

Não é de estranhar que essa palavra não se encontre registada nos dicionários, pois o elemento inter- é muito produtivo na língua portuguesa, o que torna incomportável o registo de todos os neologismos formados com esse elemento de composição.

Notas

1. As respostas são datadas e escritas segundo a ortografia da norma europeia anterior ao Acordo Ortográfico de 1990.
2. A base do dicionário foi alterada a 1 de Abril de 2009, pelo que as referências em dúvidas anteriores a esta data podem não corresponder ao conteúdo actual.
3. As respostas sobre questões ortográficas são maioritariamente baseadas na norma ortográfica portuguesa de 1945, contendo as respostas mais recentes indicações sobre a ortografia antes e depois do Acordo Ortográfico de 1990.
4. A bibliografia utilizada está disponível aqui.