A locução "junta de freguesia" encontra-se definida no Dicionário Priberam (após as acepções da palavra junta, entre as locuções junta de dilatação e junta médica, por ordem alfabética). Esta locução poderá ser maiusculizada apenas quando for um nome próprio, isto é, quando se referir a uma entidade única e específica (ex.: este terreno já pertence à Junta de Freguesia de X; a Junta de Freguesia de Y fica na Rua Z) e não quando se referir a uma categoria de órgão administrativo ou a uma entidade indiferenciada (ex.: a assembleia de freguesia fiscaliza o executivo da junta de freguesia; ainda não sei onde fica a junta de freguesia).

Por vezes, a elisão do nome completo da junta pode gerar a dúvida e deverá ser o escrevente a decidir se se trata de um nome próprio ou de um nome comum. De qualquer forma, o utilizador da língua tem sempre a decisão estilística de usar maiúsculas sempre que ache necessário fazer algum tipo de destaque.

A reflexão feita anteriormente aplica-se também à palavra junta, quando redução de junta de freguesia.

Notas

1. As respostas são datadas e escritas segundo a ortografia da norma europeia anterior ao Acordo Ortográfico de 1990.
2. A base do dicionário foi alterada a 1 de Abril de 2009, pelo que as referências em dúvidas anteriores a esta data podem não corresponder ao conteúdo actual.
3. As respostas sobre questões ortográficas são maioritariamente baseadas na norma ortográfica portuguesa de 1945, contendo as respostas mais recentes indicações sobre a ortografia antes e depois do Acordo Ortográfico de 1990.
4. A bibliografia utilizada está disponível aqui.