Em ambos os casos deve aglutinar-se o elemento de formação à palavra que lhe sucede. Assim, deve escrever-se microdecisões e superabundância.
Micro-, de acordo com a tradição lexicográfica, nunca é seguido de hífen, sendo sempre aglutinado à palavra que o segue. Super- apenas é seguido de hífen antes de palavras iniciadas por h ou r (ex.: super-herói, super-realismo).
A sugestão micro decisões dada pelo FLiP no Dicionário da Língua Portuguesa On-line deve-se ao facto de a palavra micro (como substantivo) e da palavra decisões existirem separadamente.

Ver também: prefixos hiper-, micro- e sobre-

Notas

1. As respostas são datadas e escritas segundo a ortografia da norma europeia anterior ao Acordo Ortográfico de 1990.
2. A base do dicionário foi alterada a 1 de Abril de 2009, pelo que as referências em dúvidas anteriores a esta data podem não corresponder ao conteúdo actual.
3. As respostas sobre questões ortográficas são maioritariamente baseadas na norma ortográfica portuguesa de 1945, contendo as respostas mais recentes indicações sobre a ortografia antes e depois do Acordo Ortográfico de 1990.
4. A bibliografia utilizada está disponível aqui.