Nas frases referidas, a preposição por está correctamente utilizada, pois trata-se de construções passivas (foi assinado e foi aprovada são formas do pretérito perfeito de assinar e aprovar, na voz passiva). Os sintagmas introduzidos pela preposição por (nas formas pelo, pelas ou pela, resultantes da contracção com os artigos o, as ou a) correspondem ao agente da passiva. Nos exemplos acima, este agente da passiva é complexo, isto é, é constituído por duas ou mais partes coordenadas pela conjunção e:

1. O acordo foi assinado pelo ministro português da Agricultura e pelo seu homólogo angolano.
2. A decisão para apoiar uma candidatura comum foi igualmente aprovada pelas organizações regionais africanas, pela União Africana, pelo Conselho dos Assuntos Económicos e Sociais e pela maior parte dos governos africanos.

Nestes casos, a omissão da preposição pode gerar dificuldades de interpretação ou mesmo agramaticalidade.

Notas

1. As respostas são datadas e escritas segundo a ortografia da norma europeia anterior ao Acordo Ortográfico de 1990.
2. A base do dicionário foi alterada a 1 de Abril de 2009, pelo que as referências em dúvidas anteriores a esta data podem não corresponder ao conteúdo actual.
3. As respostas sobre questões ortográficas são maioritariamente baseadas na norma ortográfica portuguesa de 1945, contendo as respostas mais recentes indicações sobre a ortografia antes e depois do Acordo Ortográfico de 1990.
4. A bibliografia utilizada está disponível aqui.