A questão colocada diz respeito ao uso da pontuação, mas também, e sobretudo, às diferenças de sentido devido ao tipo de orações. No caso em apreço, as duas frases estão correctas, mas o uso da vírgula tem consequências no sentido que delas se deve extrair.

Assim, na frase A) as meninas desta turma, que moram em Lisboa, chegam sempre a horas estamos em presença de uma oração relativa explicativa, isto é, a oração sublinhada desempenha a função de um adjectivo que qualifica ou esclarece o significado do antecedente mas não restringe, indicando que “todas as meninas desta turma moram em Lisboa e chegam a horas”. Se substituíssemos a oração explicativa por um adjectivo, poderíamos ter as meninas desta turma, [todas] lisboetas, chegam sempre a horas.

Na frase B) as meninas desta turma que moram em Lisboa chegam sempre a horas estamos em presença de uma oração relativa restritiva, isto é, a oração sublinhada desempenha a função de um adjectivo que restringe o significado do antecedente, indicando que “apenas as meninas desta turma que moram em Lisboa chegam a horas”. Se substituíssemos a oração explicativa por um adjectivo, poderíamos ter as meninas lisboetas desta turma chegam sempre a horas.

Ver também: aposto separado por vírgula

Notas

1. As respostas são datadas e escritas segundo a ortografia da norma europeia anterior ao Acordo Ortográfico de 1990.
2. A base do dicionário foi alterada a 1 de Abril de 2009, pelo que as referências em dúvidas anteriores a esta data podem não corresponder ao conteúdo actual.
3. As respostas sobre questões ortográficas são maioritariamente baseadas na norma ortográfica portuguesa de 1945, contendo as respostas mais recentes indicações sobre a ortografia antes e depois do Acordo Ortográfico de 1990.
4. A bibliografia utilizada está disponível aqui.