A presença do presente do conjuntivo (ou presente do subjuntivo, no Brasil) não altera o que foi afirmado relativamente a outra dúvida sobre se apassivante/se impessoal (I). Assim, na construção com valor imperativo arquivem-se os autos, o sujeito da frase é os autos e o verbo arquivem-se concorda com o sujeito; esta frase corresponde semanticamente a uma frase passiva os autos sejam arquivados.

Se formulássemos uma frase arquive-se os autos (correcta do ponto de vista linguístico e lógico, mas desaconselhada por alguns gramáticos), o sujeito seria o pronome pessoal indefinido se, que corresponde sempre a uma terceira pessoa do singular com a qual concorda o verbo arquive e o sintagma nominal os autos seria complemento directo do verbo; esta frase corresponde semanticamente a uma frase activa alguém indefinido arquive os autos.

Deste modo, e respondendo directamente à dúvida colocada, a expressão arquivem-se os autos está correcta e é até considerada preferível a arquive-se os autos.

Bibliografia: João Andrade PERES e Telmo MÓIA, Áreas Críticas da Língua Portuguesa, Lisboa: Editorial Caminho, 1995, pp. 234-237; José Carlos de AZEREDO, Gramática Houaiss da Língua Portuguesa, São Paulo: Publifolha, 2008, pp. 274-275; Evanildo BECHARA, Moderna Gramática Portuguesa, Rio de Janeiro: Editora Lucerna, 2002, p. 178.

Ver também: Vendem-se casas ou Vende-se casas?, se: conjunção ou pronome, pretérito imperfeito do conjuntivo e presente do indicativo seguido de -se

Notas

1. As respostas são datadas e escritas segundo a ortografia da norma europeia anterior ao Acordo Ortográfico de 1990.
2. A base do dicionário foi alterada a 1 de Abril de 2009, pelo que as referências em dúvidas anteriores a esta data podem não corresponder ao conteúdo actual.
3. As respostas sobre questões ortográficas são maioritariamente baseadas na norma ortográfica portuguesa de 1945, contendo as respostas mais recentes indicações sobre a ortografia antes e depois do Acordo Ortográfico de 1990.
4. A bibliografia utilizada está disponível aqui.