Não há unanimidade na flexão do plural do substantivo navio-escola, como, aliás, acontece com o plural de muitas palavras compostas.

Das obras consultadas que registam o plural para este tipo de palavras, Rebelo Gonçalves, no seu Vocabulário da Língua Portuguesa, e José Pedro Machado, no Grande Vocabulário da Língua Portuguesa, consideram que o plural é navios-escolas. Celso Cunha e Lindley Cintra, na Nova Gramática do Português Contemporâneo (Ed. João Sá da Costa, Lisboa, 14.ª ed., 1984, p. 188), consideram, por seu turno, que o plural é navios-escola, porque "o segundo termo da composição é um substantivo que funciona como determinante específico". O Dicionário Houaiss parece também seguir esta indicação, preconizando, no verbete navio, "não flexionar a segunda palavra (p.ex., navios-aríete, vale dizer, navios usados como aríete ou navios dotados de um aríete na proa; navios-tanque, navios-escola etc.)". No entanto, talvez por lapso, mas mostrando a dificuldade de sistematização destes plurais, o verbete navio-hospital, imediatamente a seguir ao verbete navio-escola, tem especificado o duplo plural navios-hospitais ou navios-hospital. O mesmo dicionário Houaiss afirma, na definição da locução determinante específico, que este "tanto pode ser invariável como flexionar-se quanto ao número: aviões-tanques, operários-padrão".

Alguns dicionários, como o Dicionário da Língua Portuguesa Contemporânea da Academia das Ciências de Lisboa ou o Dicionário Aurélio, têm o registo de duplo plural para esta palavra: navios-escola ou navios-escolas. Esta última forma (navios-escolas) pode ser justificada pelo facto de, em muitas palavras compostas por dois substantivos, ambos flexionarem no plural (ex.: tenentes-coronéis, cf. Nova Gramática do Português Contemporâneo, p. 189).

Pelos motivos acima apontados, nenhum dos plurais (navios-escola ou navios-escolas) pode ser considerado incorrecto como plural de navio-escola.

Ver também: plural de social-democrata, plural de desvio padrão

Notas

1. As respostas são datadas e escritas segundo a ortografia da norma europeia anterior ao Acordo Ortográfico de 1990.
2. A base do dicionário foi alterada a 1 de Abril de 2009, pelo que as referências em dúvidas anteriores a esta data podem não corresponder ao conteúdo actual.
3. As respostas sobre questões ortográficas são maioritariamente baseadas na norma ortográfica portuguesa de 1945, contendo as respostas mais recentes indicações sobre a ortografia antes e depois do Acordo Ortográfico de 1990.
4. A bibliografia utilizada está disponível aqui.